Đã có rất nhiều vấn đề chính trị và xã hội gây ra bởi Cơ Đốc giáo Hàn Quốc kể từ khi tổng thống Lee Myung-bak lên nắm quyền. Chính quyền Hàn Quốc đề xuất hạn chế người dân Hàn Quốc đến vùng Trung Đông truyền đạo.[23] Giáo sư Son Bong-ho từ Đại học Goshin lên án việc tổng thống tham dự buổi tập trung cầu nguyện của các tín đồ Cơ Đốc ở cấp nhà nước vào tháng 3 năm 2011 cho thấy mối nguy hại tiềm tàng của sự ảnh hưởng mạnh mẽ của Kháng cách đối với nền chính trị Hàn Quốc vốn có tính chất thế tục.[24] Các hành vi gây hấn và phá hoại đến từ cộng đồng Kháng cách đối với Phật giáo, tôn giáo lớn nhất ở Hàn Quốc và có ảnh hưởng lớn tới văn hóa truyền thống Hàn Quốc, đã gây nên sự chỉ trích nặng nề lên các nhà thờ Kháng cách từ phía công chúng Hàn Quốc và đã góp phần cho sự suy giảm tốc độ phát triển các tín đồ Kháng cách ở Hàn Quốc.[25]

Xung đột tôn giáo

Trào lưu Kháng cách chính thống đối lập với Phật giáo đã là một vấn đề lớn trong sự hợp tác đa tôn giáo ở Hàn Quốc, đặc biệt trong giai đoạn từ thập niên 1990 đến cuối thập niên 2000. Các hành động phá hoại nhắm đến Phật giáo và "Các cuộc cầu nguyện cho sự phá hủy các chùa Phật giáo" [26][27] đã gây nên sự chỉ trích nặng nề từ phía công chúng. Các tượng Phật đã bị coi là ngẫu tượng, bị tấn công và chặt đầu. Việc bắt giữ rất khó có hiệu lực, do những thủ phạm thường hành sự lén lút vào buổi đêm."[28] Những hành động như vậy được hỗ trợ bởi một số thủ lĩnh Kháng cách, đã dẫn đến việc người dân Hàn Quốc có cái nhìn thiếu thiện cảm đối với Kháng cách và chỉ trích nặng nề lên các nhóm nhà thờ tham gia vào, do dó rất nhiều tín đồ Kháng cách từ bỏ các nhà thờ của họ trong những năm gần đây.[25][29]

Ngược lại, quan hệ giữa các tín đồ Công giáo Hàn Quốc và các Phật tử cũng như các tín đồ tôn giáo khác hầu như đều mang tính hợp tác cao, một phần do sự kết hợp của các phong tục và triết học Phật giáo và Nho giáo vào Công giáo Hàn Quốc, đáng chú ý nhất là việc thực hành jesa (tế tự).[30]